Bunun yanında Gürcan, 1990 ve 2005 yılları arasında Anadolu Üniversitesi Eğitim Fakültesi'nde öğretim görevlisi olarak çalıştı. Ayrıca aile ve nüfus politikaları, eğitim bilimleri, öğrenme-öğretme, eğitim-iletişimi, tekno-psikoloji ve aile eğitimi alanlarında pek çok eser yayınladı. 2006 ve 2011 yılları arasında Başbakanlık Aile ve Sosyal Araştırmalar Genel Müdürü olarak görev aldı. 2011–2013 yılları arasında ise Aile ve Sosyal Politikalar Bakanlığı bakan müşavirliği görevini üstlendi. Öte yandan İstanbul Ticaret Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Eğitim Bilimleri Bölümünde öğretim üyeliği yaptı. Türkiye erken seçimlerinde Ayşen Gürcan, Ahmet Davutoğlu başkanlığında kurulan hükümette bağımsız üye olarak Aile ve Sosyal Politikalar Bakanı oldu. Ayrıca Türkiye Cumhuriyeti tarihinin ilk başörtülü kadın bakanı olmuştur. Görevine 24 Kasım 2015 tarihine kadar devam etmiştir.